Virtuelle Mikroskopie
How to use the virtual microscope
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Virtuelle Mikroskopie
Virtual microscope |
Virtuelle Mikroskopie beschreibt
die hochaufgelöste Digitalisierung von ganzen Gewebeschnitten.
Diese sogenannten Virtual Slides (VS) haben unkomprimiert eine durchschnittliche
Grösse von bis zu ca. 40 GB (130000*90000 Pixel). Komprimiert
haben unsere VS eine Grösse von durchschnittlich etwa 1 bis 1.5
GB. Diese Grösse bzw. die Darstellung des ganzen Präparates
in solch einer hohen Auflösung erklärt auch die mitunter
langen Ladezeiten.
Virtual Microscopy is a high resolution digitisation of whole tissue
sections. These so called Virtual Slides (VS) have a size up to
40 GB (130000*90000 pixel) uncompressed. Compressed, our VS have
an average size of about 1 to 1.5 GB. This dimension or the viewing
of the whole slide in such a high resolution explains the sometimes
long loading times.
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Slide Viewer
Virtual slide viewer |
Der VS-Viewer ermöglicht die Betrachtung eines kompletten
Präparates mit sehr hoher Auflösung und einem stufenlosen
Zoom. Beim VS-Viewer werden nur die Bildinformationen aus dem aktuellen
"Gesichtsfeld" (field of view) sowie deren benachbarten
Bildinformationen ("prefetching") geladen. Dies ermöglicht
eine effiziente Betrachtungsgeschwindigkeit.
Das Zoomen erfolgt auf der Navigationsleiste ("Toolbar", im Viewer
unten) mittels des + bzw. - Buttons. Auch kann man die Tasten "Shift"
oder "A" für das Einzoomen (Vergrössern) bzw.
die Tasten "Ctrl" oder "Z" für das Auszoomen
(Verkleinern) benutzen. Die Navigation erfolgt auf der Navigationsleiste
mittels der Pfeiltasten ,
mit der Maus (Linksklick im Bild, gedrückt halten und ziehen)
oder mit den Pfeiltasten auf der Tastatur. Durch Klick auf
gelangt man auf das Ausgangsbild zurück.
In der linken oberen Ecke befindet sich ein Übersichtsbild
("NavWindow") des kompletten Slides. Das rote Rechteck zeigt den
aktuellen Bildausschnitt und dient der Orientierung auf dem Gewebeschnitt.
Ein Verschieben des Rechtecks mit der Maus ermöglicht einen
schnellen und direkten Wechsel zur gewünschten Stelle des Präparates
bei einer starken Vergrösserung.
With the VS-viewer you can view the whole slide with high resolution
and a stepless zoom. The VS-Viewer is only loading the image information
from the actual field of view and their adjacent images ("prefetching").
This enables an efficient viewing speed.
Zooming is done with the + or - button in the "Toolbar"
(bottom left). Alternatively you can use "Shift" or "A"
on the keyboard for zooming in (magnifying) respectively "Ctrl"
or "Z" for zooming out (demagnifying). Panning is done
with the arrows
on the "Toolbar", with the mouse (left-click in the image,
hold and move) or with the arrow keys on the keyboard. With a click
on you
get back to the initial zoom.
In the left top corner there is an overview image of the whole slide
("NavWindow"). The red rectangle is showing the actual field of
view and is useful for orientation on the slide. A moving of the
rectangle with the mouse enables a fast and direct change to a specific
position of the slide at higher magnifications.
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Annotations
Annotations |
Die im Präparatebeschreibungstext erwähnten Strukturen
(grün, fett markiert) können als "POI" (Points
Of Interest) über das Fenster "Annotations" am rechten
Rand ausgewählt werden. Im kleinen Bildfenster wird der entsprechende
Präparatausschnitt angezeigt. Mit Klick auf "GO"
oder mit Klick in das Bildfenster wird der POI direkt im grossen
Fenster dargestellt.
The structures of In green highlighted text can be directly accessed
as a "POI" (Point of Interest) via the "Annotation"
window (top right corner). In the small image window the specific
section is shown. By clicking on "GO" or on this small
image window the POI will be shown directly in the big slide window.
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